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產業技術法規
經濟部（產業技術司）學術或研究機構分配予創作人之股票適用緩課暨擇低課徵所得稅認定作業流程
| 一 |
經濟部（產業技術司）為執行產業創新條例第十二條之二、我國學術或研究機構分配股票予我國創作人申請股票適用緩課所得稅作業辦法第三條及第六條，受理學術或研究機構依科學技術基本法分配股票予我國創作人適用緩課暨擇低課徵所得稅認定之申請，特訂定本流程 。
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| 二 |
本流程適用於經濟部（產業技術司）學界及法人科技專案計畫。
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| 三 |
本流程所稱學術或研究機構專指執行經濟部（產業技術司）學界及法人科技專案計畫之我國公立學校、公立研究機關（構）、公營事業、法人或團體；所稱創作人係指獲配股票且經學術或研究機構內部認定屬參與科技計畫之研發人員及其他研發有關人員。
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| 四 |
依本流程申請股票收入適用緩課所得稅之股票認定作業（下稱緩課認定作業），及擇低課徵所得稅之從事研發認定作業（下稱擇低課徵認定作業）者，應以一案一文方式辦理，每案以同一創作人於同計畫為原則。
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| 五 |
申請日之認定，以申請書送達受理機關之日為準；但以掛號郵寄方式提出者，以送交郵政單位當日之郵戳所載日期為準。
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| 六 |
緩課認定作業流程如下列依序辦理：
（一）學術或研究機構應於股票分配予創作人當年度十二月三十一日前，向經濟部（產業技術司）申請緩課所得稅之股票認定，所需認定文件如下：
- 學術或研究機構分配予創作人之股票適用緩課暨擇低課徵所得稅申請書（申請書如附件）；
- 科技計畫之計畫書、其合約或核定函；
- 其他足資證明智慧財產權為科技計畫產出之文件；
- 學術或研究機構當次取得股票之智慧財產權讓與或授權契約書影本，應載明智慧財產權作價總額、取得股票種類、每股發行價格及股數；
- 智慧財產權之證明文件，指權利證書影本，或律師、會計師或其他負相當法律責任之專業人員調查智慧財產權之意見書、評價報告、技術說明或其他相關文件
（二）學術或研究機構檢附前項文件依函稿範本（範本如附件）函送經濟部（產業技術司），並副知學界或法人科專專案辦公室，學界或法人科專專案辦公室檢視確認應附文件齊備後，由經濟部（產業技術司）審查前項文件與下列事項，進行核駁或文件補正之認定：
- 學術或研究機關以其自行研發且依科學技術基本法第六條第一項歸屬其所有之智慧財產權為限；
- 研發成果必須符合讓與或授權公司自行使用，所取得該公司股票依科學技術基本法第六條第三項所定辦法分配予該智慧財產權之我國創作人者；
- 學術或研究機構取得股票日即該創作人獲配股票日，限於中華民國一百零六年十一月二十四日至一百十八年十二月三十一日之期限內。
（三）經濟部（產業技術司）受理學術或研究機構申請之日起二個月內，將前項認定結果函復該學術或研究機構，並通知該創作人、公司及公司所在地稅捐稽徵機關。
（四）經審查屬我國學術或研究機構分配股票予我國創作人申請股票適用緩課所得稅作業辦法第五條第一項第三款之文件欠缺或應載明事項不全者，學術或研究機構應於申請年度之隔年報稅起始日三個月前（即一月三十一日前）完成補正。
（五）如有前項補正情事者，應於受理學術或研究機構補正之日起一個月內，將認定結果函復該學術或研究機構，並通知該創作人、公司及公司所在地稅捐稽徵機關。
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| 七 |
擇低課徵認定作業流程如下列依序辦理：
（一）我國創作人得於取得股票日起持有股票，且於我國境內之產業、學術或研究機關服務並從事研發屆滿二年之日起，向經濟部（產業技術司）申請擇低課徵所得稅之從事研發認定，所需認定文件如下：
- 緩課所得稅之股票認定函；
- 從事研發證明書（證明書如附件）；
- 其他足資證明從事研發及工作起訖日期之文件。
（二）我國創作人檢附前項文件依函稿範本（範本如附件）函送經濟部（產業技術司），並副知學界或法人科專專案辦公室，學界或法人科專專案辦公室檢視確認應附文件齊備後，由經濟部（產業技術司）審查前項文件與下列事項，進行核駁之認定：
- 我國創作人自取得股票日起，於我國境內之產業、學術或研究機構服務，並從事研發累計達二年或以上；
- 取得股票日為我國學術或研究機構分配股票予我國創作人之交付股票日；
- 我國創作人尚未進行股票實際轉讓或帳簿劃撥至其往來證券商或保管機構之保管劃撥帳戶，且轉讓或劃撥行為限於一百零九年一月一日後為之。
（三）經濟部（產業技術司）受理我國創作人申請之日起二個月內，將前項認定結果函復該創作人，並副知該公司及公司所在地稅捐稽徵機關。
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| 八 |
創作人已擇定緩課暨擇低課徵所得稅，依我國學術或研究機構分配股票予我國創作人申請股票適用緩課所得稅作業辦法第六條第二項規定，未於股票轉讓前檢具證明申請從事研發認定者，視為放棄擇低課徵所得稅。
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| 九 |
申請緩課暨擇低課徵所得稅認定所檢附之文件，將留存經濟部（產業技術司）建檔，本流程申請人保證所附文件與送稅捐稽徵機關文件均為屬實，如有錯誤或虛偽不實，應負一切責任。
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| 十 |
科技計畫如涉跨部會參與，應於申請書揭露各資助機關所占比例，並向占比最高之資助機關提出申請（如同時有二所以上機關持有相同比例，則請協調一所主責受理）；如跨學術或研究機構共同研發，則請協調由主責學術或研究機構代表提出申請。
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| 十一 |
必要時，經濟部（產業技術司）得召開專家會議提供專業意見，作為經濟部（產業技術司）專業評估之參考，但仍以最終簽核結果作為准駁之決定。
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| 十二 |
前項專家會議由五位外部專家委員組成（其中至少一人為會計相關領域之代表），委員由經濟部（產業技術司）擬定名單（專家委員五人及備選委員三人）遴選之。
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| 十三 |
專家會議之進行，由經濟部產業技術司處長或其指定代理人主持，並進行案件說明，必要時得請申請緩課認定之學術研究機構，或申請擇低課徵認定之創作人與會說明或進行詢答。
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| 十四 |
專家會議之召開，由經濟部產業技術司學界或法人科專專案辦公室協助辦理會議行政作業事宜，專家委員必須簽署保密及利益迴避同意書；其屬機敏性質案件者，會議資料由經濟部（產業技術司）於會議召開當場發放，並於會後全數回收。
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