本部直接投資事業原有中國鋼鐵公司、台灣肥料公司、臺鹽實業公司、中華紙漿公司、華擎機械公司、聯華電子公司、台灣工礦公司等7家，其中聯華電子公司、華擎機械公司係為促進我國IC半導體工業及汽車引擎工業之發展，將科技專案計畫之成果，以技術作價方式轉投資而來；中國鋼鐵公司、台灣肥料公司、台鹽實業公司原為本部所屬國營事業，分別於84年、88年、92年移轉民營；另中華紙漿、台灣工礦二家公司原係台灣省政府所持股權，於精省後自89年5月起由本部接管股權。
經濟部直接投資事業94年3月1日起移交財政部統一管理，財政部復於95年9月21日將中國鋼鐵公司、臺鹽實業公司、中華紙漿公司及華擎機械公司等4家公司股權移回本部接管，另唐榮公司95年7月5日移轉民營，中華紙漿公司97年3月25日完成釋股，台灣造船公司97年12月18日移轉民營，漢翔公司103年8月21日移轉民營，又另奉行政院指示，自108年12月27日起承接榮民公司所持可寧衛蘇伊士公司42%公股股權(111年6月30日更名為可威環境資源公司)，110年6月16日釋出華擎機械公司持股，截至目前為止，本部直接投資事業計有中鋼、臺鹽、台船、漢翔、唐榮及可威等6家公司。