秘書處掌理下列事項
印信典守及文書、檔案之管理。 出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。 國會聯絡事務之規劃、研擬、執行及管考。 工友（含技工、駕駛）之管理。 不屬其他各司、處事項。
秘書處分科職掌 事務科 關於固定資產設備、消耗性物品之採購事項。 關於各項會議、宴客之集會管理事項。 關於水電、電話、之採購及洽辦事項。 關於車輛管理、維護、調度及機場禮遇事項。 關於技工、工友管理事項。 關於事務費結報事項。 關於交通費之核發事項。 關於財產管理事項。 關於房地產管理與眷舍管理及改建檢修事項。 關於事務性文具用品發放管理事項。 關於勞工保險事項。 關於辦公處所管理事項。 其他有關事務事項。
文書科 關於章戳使用管理事項。 關於公文收、發事項。 關於公文繕、校等事項。 關於一般公文稽催及公文查考事項。 關於保密通訊裝備維管事項。 關於本部人民陳情案件之分辦及列管事項。 關於首長信箱之分辦及列管事項。 關於行政院公報送刊及管考事項。
檔案科 關於檔案分類編目事項。 關於檔案整理事項。 關於檔案調閱及典藏事項。 關於檔案資料、登錄及統計事項。 關於檔案清理事項。 其他有關檔案管理事項。
出納科 關於保管庫存現金及各種票據等事項。 關於辦理零用金支付、匯款及收兌款項、員工薪津發放等事項。 關於收繳各種稅款、借支、保險費等事項。 其他有關出納事項。 不屬本司其他各科之司綜合業務。
國會科 立委可能質詢問題之彙報。 立法院質詢案件之列管、擬答及建檔。 立法委員臨時提案之分辦、彙報。 監察院相關案件之分辦、彙報。 中央民代致部長函件之分辦、列管。 ※另涉及國會聯絡事項由本部國會聯絡組(任務編組)負責。